七月十四日，崇祯在紫禁城的平台召见了袁崇焕，袁崇焕慷慨陈词，誓言以五年时间收复辽东，并疏陈方略。崇祯大喜，庆幸自己找对了人。之后，崇祯满足了袁崇焕所提出许多要求，包括钱粮装备，人事任免以及自主决策等，并赐给他尚方宝剑，以“便宜行事”。

不料，一年多以后，也就是崇祯二年十月，皇太极率十万大军绕道蒙古，避开袁崇焕的山海关防线，从长城龙井关和大安口两处攻破关隘，长驱直入，直取北京。袁崇焕闻讯，亲率九千关宁铁骑星夜驰援京师。崇祯在这兵临城下的关键时刻，再次起用被罢免的兵部尚书孙承宗官复原职，并任内阁大学士，全面负责协调各路勤王军队的布防事宜。

孙承宗统揽全局，立即下令袁崇焕赶到京郊昌平、三河一带布防，意图阻敌于外围。然而此时的袁督师却并不买自己这位老上司、老伯乐的账，依旧按照自己最擅长的打法，试图将皇太极的军队引到北京城下，以便背城一战。

孙承宗认为袁崇焕此举极为不妥：京师重地，天子庙堂，岂容你当作最后之筹码？若战事稍有不如意，皇帝受惊，你便是粉身碎骨只怕也难以弥补罪愆之万一。于是派出使者晓以利害，极力劝阻，但是，袁崇焕却没有把老师的逆耳忠言放在心上。

十一月二十日，皇太极大军压境，以南北并举战术，分别进攻北城的德胜门和南城的广渠门。袁崇焕带领关宁铁骑，在广渠门外血战八小时，终于打退了后金军队的进攻，歼敌一千余人。二十七日，皇太极亲率劲旅进攻左安门，袁崇焕率军竖立栅栏，严守死战，再次击退敌军。

十二月一日，崇祯以“议饷”为名，召袁崇焕、满桂等在平台相见，以“擅杀毛文龙”、“致敌兵犯阙”等事，将袁崇焕逮捕，投入锦衣卫大牢。

此后，皇太极数战不利，只得撤军退回沈阳。沿途烧杀抢掠，并攻占遵化、永平等四城，派二贝勒阿敏留军驻守。在孙承宗的指挥下，去而复返的锦州总兵祖大寿所率关宁铁骑，以及千里赴援的四川石柱女总兵秦良玉所率白杆兵等各路人马，于崇祯三年五月，连挫阿敏，收复四城，取得“遵永大捷”。阿敏率残部狼狈逃回沈阳。

“己巳之变”至此方告结束。

然而，如何处置袁崇焕，却让崇祯大伤脑筋。袁崇焕虽有必死之罪，却也有免死之由。崇祯现在所关注的焦点问题，并不仅仅在于一个蓟辽督师的生死，而是整个朝政的平衡。

自崇祯元年东林党重新崛起，到目前整个内阁和六部大都是东林一派。袁崇焕下狱之后，多名内阁大臣及其他东林党官员纷纷上书为其开脱，甚至用以身替罪或罢官顶罪之言以相要挟，隐隐已成权倾盖主之势。深谙帝王心术的崇祯不能容忍内阁的“铁板”局面形成，要想打破这种局面，只有借势。

这个势，便来自于礼部尚书温体仁和礼部左侍郎周延儒。

温、周二人为谋求内阁大学士之位，检举揭发竞争对手钱龙锡等人以权谋私和接受袁崇焕贿赂等罪名，崇祯以此为由，黜置多名东林党官员，内阁大臣钱龙锡、礼部右侍郎钱谦益等相继亦遭罢免。后来，温、周终于如愿以偿，先后入阁，成为了大学士。

在被罢免的人中，钱龙锡是以与袁崇焕同谋杀死毛文龙之罪罢官入狱的。为了平衡政局，巩固皇权，堂堂的文渊阁大学士也要牺牲掉，袁崇焕连累其中，再加上误战之罪，不死又怎能说得过去？于是，袁崇焕便成了朝廷党争的殉葬品。

或许，温体仁并非想要袁崇焕死，崇祯也并非不知道袁崇焕死得冤枉，袁崇焕却并不知道自己因何而死。

“我不杀伯仁，伯仁却因我而死。”

这就是政治，很荒唐，很讽刺，也很无奈。

杀一个人很容易，关键是定个什么罪。

刑部最终拟定十二条罪状，崇祯反复考虑之后，提起朱笔，划去了其中“通敌叛国”和“拥兵自重”两条。他慢慢地抬起头，看了一眼始终在阶下垂首长跪的户部尚书何如宠，说道：“何大人，你说的话不无道理，朕依你便是。你起来吧。”说罢，在奏折之上又加了几道朱批，长叹一声，缓缓的放下了手中的毛笔。

“明日早朝，便将这诏书发下去吧。”崇祯心力交瘁地说道。