作为东殿尚书，傅学贤的家也住在东王府内，他的父母妻儿也死于这场屠杀，傅学贤因为在北门带兵执勤才躲过一劫。他发誓要找出凶手，为东王、为亲人、为无辜死难的人们报仇。

把四千多具尸体下葬以后，凶手也找到了，知道是现驻扎在大行宫和小茔一带的韦昌辉所部干的。傅学贤即刻组织城内三万多卫戌部队，占据在峨眉营、虎贲仓一带，于一八五六年九月三日上午对韦昌辉所部展开了攻打，天京内乱开始愈演愈烈。穿着一样的服装，太平军开始打太平军。

洪秀全仍然稳坐天王府内关注着外面的消息，静观其变，根据形势的发展再作自己的打算。

蒙得恩慌慌张张跑到洪秀全面前道：“万岁，天京大乱了！自己人跟自己人打起来了，您说怎么办？”

洪秀全怨恨韦昌辉道：“没有想到朕一封密诏，竟然闹得如此不可收拾。朕只是让韦昌辉回京保驾，没有让他杀死东王，更没有让他杀死东王府四千多人，太残忍了。傅学贤的讨伐名正言顺，他三万多人打韦昌辉三千多人，绝对能制服这个暴徒。韦昌辉罪有应得，我们不用管他，让卫戌部队去收拾他吧！”

在这件事情上，洪秀全明显的同情杨秀清而愤恨韦昌辉。他想顺其自然借傅学贤的手去除掉韦昌辉，他相信三万多卫戌部队有这个能力平息这场变乱，不用他天王亲自出马管闲事。

可是洪秀全没有料到，坐镇句容的秦日纲会在陈承镕的帮助下，带兵入城参入变乱。秦日纲指挥陈玉成、李秀成所部已经占领丹阳，陈玉成部移师金坛围县城二十余日，李秀成部准备攻打常州。当韦昌辉所部被天京卫戌部队打得喘不过气来时，陈承镕想到秦日纲一定会站在韦昌辉这一边。再加之秦日纲带领大军，就驻扎在天京城东南不远的句容县境内，易于联络，于是陈承镕跑到句容向秦日纲煽风点火。

秦日纲听到韦昌辉血洗东王府，杀死杨秀清时，不由大笑道：“北王干得好！真是大快人心！”后来又听说韦昌辉三千多人受到傅学贤三万多人攻打，已经快支撑不住了，秦日纲决定放弃打常州的清军，转而带兵入城与韦昌辉结为同盟军，两面夹击傅学贤部。

陈玉成、李秀成带兵撤退到句容县境内时，听说要去天京城打内战，他俩坚决抵制，率一部分军队驻扎在离句容县城二十五里之丁角村，便停止前进不支持任何一方。

秦日纲自己带兵仍然由陈承镕掌控的南门入城，从背后突然给傅学贤卫戌部队以打击，本来败局已定的韦昌辉见有援军来到，立即大喜过望：“有燕王与我们并肩作战，我们可以踏平天京城。”剩下的两千个乱军兵士立即精神大振，又增添了几分战斗力。

因为有秦日纲军的界入，双方势均力敌，打得难分难解，战斗形成胶着状态，互有伤亡，胜负难分。这种情形大约有十多天，天京城日夜都处在枪炮声中，洪秀全再也不能坐视不管了。

恰好此时双方都已打得精疲力竭，弹尽粮绝，都不想再这样艰苦的打下去了。韦昌辉和傅学贤都先后到天王府去，请求洪秀全支持，想尽快取得最后胜利。韦昌辉恶意残杀无辜数千人其罪当斩，而洪秀全却想做和事老，从中调和。他把双方交战的首领韦昌辉和傅学贤一起叫到天王府，从中调解。