而严复之所以离开北大辞职，有三个原因，第一个原因就是严复吸大烟，在北大现任教师中，他是唯一一个吸大烟的，为诸多教师不喜。汤尔和就用此借口，数次向教育部弹劾严复，当教育总长是蔡元培的时候，严复倒是保得平安。蔡元培因与大总统袁世凯政见不合，因而辞职，教育总长由教育次长范源濂担任。而范源濂性格并不强势，而与严复并不相熟，加之下面有人弹劾严复，便应允了严复的辞职。

严复辞职的第二个原因则是经济问题，严复手中一直有一张俄国道胜银行的7万两银子的东清铁路股票，教育部人眼红这钱，数次向他讨要而遭拒绝。严复希望将这笔款子留在北大办学，而教育部等人却希望挪到教育部它用。蔡元培辞职之后，教育部更是派人直接要求严复上交这笔款子。

而导致严复辞职的第三个原因，则是党派相争，辛亥革命前,严复一贯主张君主立宪,反对暴力革命。随着革命思潮逐渐兴起,严复在政治上成为革命派的敌人。他在1904年出版的译著《社会通诠》中就反对以狭隘的民族主义号召排满革命1905年,时在伦敦的严复对前来拜访的孙中山泼冷水,明确主张教育救国,反对暴力革命。自伦敦回国后,严复又发表许多文章和演说,不遗余力地鼓吹君主立宪,遂成为立宪运动的精神领袖之一,因而也成为民党的最大障碍之一。在立宪改良与革命共和两种政治主张针锋相对的时刻,鉴于严复具有广泛的社会知名度,革命派不得不对他进行重点反击,以消解其社会影响。汪精卫、胡汉民、章太炎、韦裔等曾先后发表文章,反驳严复的某些观点。前后两任教育总长蔡元培与范源濂均是南方激进派，蔡元培甚至一度力主取消北大学校，是严复力保下来。

而严复的辞职，也让王茂如感到在北大毫无意义，在严复辞职之后，王茂如来到严复家拜会。却看到严复躺在床几上抽着大烟，摇头苦笑，离开严复家。之后他向北大辞职，而北大校长此时是章士钊，然而教育部是个冷门，北大在严复走之后，连薪水都开不出来，章士钊自然不愿来。命教育部无奈，遂又于10月18日任命马良为代理校长。马良在就任北京大学校代理校长仪式上说：大学者“非校舍之大之谓，非学生年龄之大之谓，亦非教员薪水之大之谓，系道德高尚，学问渊深之谓也。诸君在校肄业，须尊重道德，专心学业，庶不辜负大学生三字云”。然而，巧妇难为无米之炊。时至1912年11月底，寒假将至，而学校的下学年经费尚无着落，马良便向比利时银行商借40万法郎，约定以学校地产作为抵押。何时得知，即告知北大学生起来反对。学生闻讯，亦认为马良在“盗卖校产”，遂群起而攻之，使马良不得不辞职离去。

王茂如先是向章士钊写了辞职信，然而没几天，校长换成了马良，又将辞职信写给马良，然而没几天，校长又换了，换成了何时。辞职辞了三次，王茂如也算是创造了一个历史了。他本人是不缺钱的，只是爱惜名声，尤其是能够在北大做一段时间的讲师，也算是让他小小的满足了一下自己内心的虚荣。

对于王茂如的辞职，何时很是不舍，这门国际关系学学科刚一开设半年便夭折而亡了，而王茂如的辞职最高兴的人不是一直看他不顺眼的汤尔和，毕竟汤尔和是看严复不顺眼，因而连累到他。最高兴的人是日本人工臧平良，他收到日本横滨大学的请求函，希望他能够帮助日本横滨大学邀请秀盛先生来到该校任教，讲授国际关系学，为日本培养外交人才。

王茂如拿着邀请函唏嘘不已，国内党派之间相互倾轧，一个小小的教育部门，里面保守派，改良派，温和派，激进派等等派别相互斗来斗去，连校长严复也要被迫辞去校长一职，也怪不得章士钊不来上任。但是王茂如却不想当劳什子教授了，他收到了严复的邀请。

严复辞去北大校长一职之后，进入了袁世凯的幕僚机构，做起了袁世凯的幕僚，而严复向袁世凯推荐王茂如，言道此人大才，不可不重用。袁世凯也知道《大国崛起》这本书，也让幕僚们读给他听，心中颇为欢喜，于是应了严复。不过袁世凯人忙事多，南方又闹腾起来，袁世凯忙着筹措善后大借款，便将邀请王茂如的事儿忘了。之后还是严复提醒才想起来，于是派严复拿着大总统的邀请函去王茂如家里，却得知王茂如已经接受日本横滨大学的邀请，东渡日本去了，心中后悔不已。告知袁世凯后，袁世凯摇摇头说可惜了便没再说什么，的确，他手下人才济济，真不差这个教授。只是严复在一旁捶胸顿足，说有王秀盛在，定然知道如何搞定六国银行。有幕僚冷笑说，严几道未免把此人看的太重了，只是一个先生而已，严复瞪起眼睛便要赤膊上阵，袁世凯忙说：“好了，这人才华是有的，可惜去了日本，等他什么时候回来，几道先生带他来见我。”