大明永历四十六年十一月十五日，在数万重着汉装的数万福州百姓的观礼下，郑监国完成了一整套祭天、祭祖、祭社稷的流程，随即在由福建总督衙门改建的行宫中登上大明皇帝的御座，成为明王朝第二十位君主，年号武定。

武定帝既然继位，自然要大肆封赏一遍，世子朱慈烯晋位太子、其余二子分别为王，至于其余宗室也分别由升格不提，另外根据郑克臧的保荐，武定帝还第一时间任命了四名内阁大学士、六部尚书、侍郎、都察院左右都御史。

其中，浙江督师洪磊出任内阁元辅，是为文华殿大学士、太子少师、新昌伯；福建督师杨英为内阁次辅，是为武英殿大学士、太子少傅、明溪伯；原明郑政事堂左参政柯平为文渊阁大学士、太子少保；原政事堂右参政郑英平为东阁大学士、太子少保。

又以广东督师郑斌出任吏部尚书、浙东巡抚陈绳武出任礼部尚书、政事堂左参议林良瑞兼任户部尚书、政事堂右参议蔡济兼任工部尚书、警察司司官闫刚为刑部左侍郎掌部事、刑狱司官郭楷为刑部右侍郎参赞部事、军务司司官林珩以兵部左侍郎掌部事、军器司司官蔡谦为兵部右侍郎、闽东巡抚吴潜为都察院左都御史、察言司司官蔡汉襄兼任右都御史。

不过阁臣也好、尚书也罢都只是空壳摆设，实际上掌握武定朝实权的还是原来明郑藩下政事堂及各司司官。当然为了适应形势的发展需要，政事堂改名为大都督府参军司，原政事堂左右参政改为大都督府参议、原左右参议改为大都督府咨议参军。至于各司则更名为大都督府某经历司，譬如警察司就改名为大都督府警察经历司。

参军院此时也跟着改名为大都督府参谋厅，林升的总章参军事改为总参谋事，同时与洪拱柱、毛洪言、吴淑三人升任为大都督府佥事，孙有劳和林贤两人的左右同佥参军事也改称左右副总参谋事，参军都承制改为一等参谋、参军承制改为二等参谋、参军事改为三等参谋、行参军事改为四等参谋。由此推而及之，各师、团、哨的总参军、参军长、参军职也分别改为总参谋、参谋长、参谋。

武定帝登基大典刚刚结束，匆匆从琼州赶到福州的郑斌和兼任大都督府审官经历司司官的吏部左侍郎邓麟彩便在第一时间找到了郑克臧。两人一致要求郑克臧优先解决如今明郑在两省占领区内的几十名府州县正印官及辅弼官的缺额问题，而左咨议参军兼户部尚书林良瑞也跟营田经历司司官兼左侍郎顾同山忙中添乱，要求郑克臧帮助解决当年秋粮收获不足和来年垦种人口因战乱大量流失的问题。

面对这四名重臣的围攻，郑克臧不禁头大如斗，只得一股脑的将所有问题都推给了大都督府参军司。参军司连夜合议作出了没收李光地之流铁杆汉奸的家财田土并将福州周围旗丁圈走的土地无偿分配给投军百姓家庭的决定，同时为了避免刚刚晋封伯爵的蔡元书、王新化两人产生猜忌和误解，武定朝中央政府暂时不向两人占据的闽北、闽西各府县派出守令且原则上同意两人提出的保荐名单。

对于参军司以内阁名义作出的决定，郑克臧并无异议，只是提出“本人或祖辈曾经出任过伪职及投考过伪朝科举的只要能举城或率部来投且愿意接受明郑方面统一调度”可试作改过自新不再按汉奸论处治罪。

内阁对郑克臧态度的变化有些摸不着头脑，但理解的要服从，不理解的也要服从，于是便以武定帝的名义“大赦”天下，这份诏书连同武定帝登基诏书很快传遍了整个明郑统治区并向桂、湘、赣、浙、苏、鲁等地传播开去，不但迅速稳定了明郑统治区内的人心，更是清廷统治下的各地士绅进一步发生了动摇。